土壤中微生物的種類和數量都很多。土壤中微生物的數量因土壤類型、季節、土層深度與層次等不同而異。如有機物含量豐富的黑土、草甸土等肥沃土壤，微生物含量較高，每克土可含幾億至幾十億個微生物；而紅壤、棕鈣土、鹽土等貧瘠土壤，微生物的含量很少，每克土也含幾百萬至幾千萬個微生物。
微生物種類和數量
土壤這中的微生物有細菌、放線菌、真菌、藻類和原生動物等類群。其中細菌數量多，放線菌和真菌次之，藻類和原生動物等的數量較少。
（1）細菌
約占土壤微生物總數的70%~90%，含量達每克土幾百萬個至幾億個，主要是異養型種類，少數為自養型。異養型種類積極參與土壤有機質的分解和腐殖質的合成。自養型種類轉化著礦質養分的存在狀態。
經過土壤微生物檢測常見的細菌有固氮細菌、氨化細菌、硝化細菌、反硝化細菌、硫酸還原細菌、纖維素分解菌、假單胞菌、黃桿菌、鉀細菌和鐵細菌等。
（2）放線菌
約占土壤微生物總數的5%~30%，含量為每克土幾千萬至幾億個孢子。在偏堿性土壤中數量較多，都是異養型種類。放線菌較耐干旱，在潮濕土壤中比干旱土壤中少，在漬水條件下，如土壤持水量在80~100%時，放線菌很少出現。土壤中常見種類有諾卡氏菌屬、鏈霉菌屬和小單孢菌屬。
（3）真菌
每克土壤中有真菌幾千至幾十萬個，均為嚴格好氧的異養型種類。酵母菌的含量較少，一般為每克土壤幾個到幾千個。但在葡萄園和果園的土壤中，每克土壤酵母菌含量可達幾十萬個。真菌中的霉菌，以絲狀體的菌絲交織曼延在土壤中起改良土壤團粒結構的作用。土壤中常見的霉菌有青霉、曲霉、枝孢霉、頭孢霉等。
（4）藻類
土壤中藻類的數量不多，不到微生物總數的1%，但分布卻很普遍。一般生長在土壤表層，多為單細胞綠藻和硅藻。藻類為光合型微生物，受陽光及水分影響較大，土壤下層因無陽光，數量少。在溫暖季節中，積水的土面上藻類大量發育，其中主要有衣藻、小球藻、絲藻及各種硅藻，水田內則發育有水綿等絲狀綠藻，為土壤積累有機質。
（5）原生動物
在不同類型的土壤中數量變化很大，每克土壤有幾十個至幾十萬個，在富含有機質的土壤中主要有纖毛蟲、鞭毛蟲、肉足蟲等，大多數種類是異養型的，以吞食各種有機物的碎片、藻類、菌類等為生。
土壤中的微生物是土壤的組成成分，通過它們的代謝活動，轉化土壤中各種物質的狀態，改變土壤的理化性質，是構成土壤肥力的重要因素。我們做
土壤微生物檢測就是分析其中的性質。
