日前，中国地质科学院水环所经过积极探索，反复试验，建立了适合土样和地下水样的微生物分子生物学检测高新技术。
土壤微生物检测技术通过对不同样品微生物DNA的提取，将提取的DNA进行扩增并识别，来确定样品中微生物的多样性和种属，具有性和准确性，免去了烦琐、需时长的培养过程，可检出传统方法不可培养的微生物，并能原位反映微生物群落结构的真实情况。微生物分子生物学技术的建立，突破了长期以来一直采用的传统微生物培养技术方法。该技术在污染修复、成岩成矿成油机理研究、微生物找矿、污水处理等方面具有广泛的应用前景，是一种快速准确的高新技术。
目前，传统的微生物培养方法只能检测少量可培养的微生物，不能揭示其余大量的微生物，以至对水土环境中微生物的多样性认识以偏概全。近年来，通过直接对样品的DNA分析揭示其微生物种类的技术得到了较大发展，该技术可不通过对微生物进行培养的方法，更快速、准确地反映微生物种群的多样性，为研究水土环境中的微生物组成开辟了一条崭新的道路。通过对水土样品DNA提取纯化，利用聚合酶链式反应（PCR）技术，对样品DNA进行扩增，对扩增后的产物再利用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术，将不同微生物类型的DNA基因片段分离，直观显示样品中微生物群落的多样性。还可将DGGE技术的产物再扩增，然后测序，准确鉴定微生物种属。从样品DNA提取纯化，到PCR扩增，再到DGGE分离和测序，构成了一整套水土环境中微生物组成多样性和种属鉴定研究的分子生物学检测技术。
土壤微生物检测技术的建立，突破了长期以来一直采用的传统微生物培养技术方法，可以更加直观全面地将样品的多样性展示出来，以及准确鉴定微生物种属。它不仅可以应用于科学研究，在具体的实践工作中也具有很好的应用前景：可显示在污染环境修复过程中，是哪类微生物大量繁殖并修复污染，这类微生物就可人工添加至类似污染环境，加速污染修复过程。同时，在成岩成矿成油的过程中，通过微生物参与技术，可以找到并鉴定相关的微生物种类，为成岩成矿成油机理研究以及利用微生物找矿而建立一种快速有效的手段。
土壤微生物检发展方向是快速，准确，简便，自动化，当前很多生物制品公司利用传统微生物检测原理，结合不同的检测方法，设计了形式各异的微生物检测仪器设备，正逐步广泛应用于医学微生物检测和科学研究领域。例如：
1、土壤微生物检测抗干扰培养基和微生物数量快速检测技术结合解决了传统微生物检测手段不能解决的难题，为建立一套完整的抗干扰微生物检测系统奠定了坚实的基础。
2、BACTOMETER 全自动各类总菌数及快速细菌检测系统可以数小时内获得监测结果，样本颜色及光学特征都不影响读数，对酵母和霉菌检测同样高度敏感原理是利用电阻抗法将待测样本与培养基置于反应试剂盒内，底部有一对不锈钢电极，测定因微生物生长而产生阻抗改变。如微生物生长时可将培养基中的大分子营养物经代谢转变为活跃小分子，电阻抗法可测试这种微弱变化，从而比传统平板法更快速监测微生物的存在及数量。测定项目包括总生菌数，酵母菌，大肠杆菌群，霉菌，乳酸菌，嗜热菌，革兰氏阴性菌，金黄色葡萄球菌等。